Janvier 1944 : Madame Quentin accompagne à la gare de Lyon son fils, Julien, 12 ans. Avec son frère aîné, François, seize ans, ils regagnent après les vacances de Noël un collège pour “gosses de riches”, tenu par des carmes en région parisienne.
Dans le dortoir, le père Jean, directeur de l’établissement, présente un nouveau pensionnaire, Jean Bonnet, que le surveillant place à côté de Julien.
La vie des pensionnaires est rythmée par la messe, les cours, les jeux brutaux à la récréation, le réfectoire où Jean manifeste des goûts alimentaires particuliers, et où l’on découvre Julien traficoter avec Joseph, le grouillot de la cuisinière.
Le cours de piano assuré par Mlle Davenne donne l’occasion à Julien d’éprouver une certaine jalousie à l’égard de Jean qui se révèle un excellent musicien.
Intrigué par le “nouveau”, Julien intercepte une lettre, s’inquiète de le voir ne pas faire sa prière avec les autres, puis de la faire, tout seul la nuit… Jean, lors d’un passage aux Bains-douches municipaux fréquentés par des Allemands (et donc interdits aux Juifs), coupe court à ces attitudes inquisitoriales en déclarant qu’il est protestant. Mais Julien n’en continue pas moins de harceler son camarade, d’autant plus qu’il a découvert qu’il ne s ‘appelle pas Bonnet, mais Kippelstein.
À l’occasion d’un jeu de pistes dans la forêt de Fontainebleau, les deux camarades se retrouvent ensemble, se perdent et sont ramenés tard dans la nuit par des soldats allemands. Ils sont placés tous deux en observation à l’infirmerie. Julien en profite pour faire comprendre à Jean qu’il sait qu’il est juif. Ils se battent.
Visite dominicale de la mère qui déjeune au restaurant avec ses deux fils et Jean que Julien a invité au dernier moment. Une descente de la milice qui s’acharne sur l’un des habitués de l’établissement met en lumière toute l’ambiguïté des Français de l’Occupation à l’égard des Juifs.
Une amitié naissante semble rapprocher les deux camarades : ils mangent ensemble, regardent avec une complicité évidente Charlot l’émigrant, Julien confie à Jean ses problèmes d’énurésie…
La cuisinière accuse Joseph de vol et le trafic qu’il entretenait avec les élèves est découvert. Convaincu de commettre une injustice, le père Jean renvoie Joseph.
Julien et Jean sont de plus en plus souvent ensemble. Jean apprend à Julien un morceau de jazz au piano, ils lisent ensemble les Mille et Une Nuits…
Mais cette authentique amitié est brutalement brisée par l’arrestation de Jean, en pleine classe de mathématiques. La Gestapo arrête deux autres élèves juifs, ainsi que le père Jean et le surveillant Moreau, accusés de résistance active.
